無人機干擾器通常使用無線信號來干擾非法入侵的無人機。 主要干擾大部分無人機攜帶的GPS定位系統。 無人機干擾器向工作范圍內的無人機發射一定的無線干擾頻段，使無人機無法獲取自身的定位信息，無法繼續飛行。以目前的無人機技術，使用無人機干擾器不會導致無人機直接墜落，但是可以迫使無人機返航或者直接降落。

通常，無人機在飛行中通過接收 GPS 信號來實時定位自己的位置。 無人機干擾器通過GPS信號干擾技術干擾無人機的定位數據，無人機無法獲取地形坐標信號以至無法繼續飛行，從而達到對抗無人機的目的。 利用信號干擾來對抗“黑飛”無人機，是眾多對策中較為安全的一種，也避免了對無人機造成不必要的傷害。 由于目前的無人機都有所謂的“安全模式”，為了避免無人機與遙控器之間的通訊鏈路突然中斷，不會直接導致無人機墜落，而是通過一些程序來使 無人機自動返航或直接原地著陸。 而無人機干擾器則利用這一點，干擾無人機正常運行的信號，迫使無人機離開。